尼奥在母体中苏醒过来，此时他正失陷于母体中，身体与思想处于分离状态。他在火车站遇到神秘流浪汉，随后一同搭乘火车。在火车上流浪汗详细告知了尼奥救世主身份的来龙去脉。与此同时，锡安的居民们正在与机器做殊死的搏斗。冒进的战略思想导致他们首轮既遭重创。战后会议之后，墨菲斯和崔妮蒂寻找到了失踪的奈尔碧，并得知了尼奥的情形。

“黑客帝国”是商业电影史上的里程碑，因为不仅卖座，而且非常有内涵，你既可以把它当作一部娱乐大片看过了之，因为画面非常绚烂，也可以把它当成一部艺术片观看，从中找到宗教、哲学等各方面的思考元素进行反复回味。如果你还不知道什么是Matrix、黑客帝国，那么你一定要看一看，绝对不会让你失望。